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Python

Python正規表現で塩基配列検索

2017.04.03 Mochizuki

以下ではPythonで塩基配列を操作するコードを紹介します。説明は最小限に留めてありますが、C++がわかる人ならばPython初心者でも構文が似ているので意味はわかると思います。   1.DNA配列中の各塩基の…

Python 入門編

画像の明るさを正規化する

2017.03.31 Mochizuki

画像を定量するときに、あるいは、機械学習の前処理をするときなどに、画像の明るさがバラバラだと、いくらその後の過程に手の込んだプログラムを用いてもうまい結果を出せないと思います。画像の明るさを揃えるためのコードを紹介します…

Python 入門編

二次元配列の初期化

2017.03.20 Mochizuki

NumPyを使うと簡単に二次元配列を作ることができます。ここでは、NumPyのzeros関数を使って要素が全てゼロの配列を作っています。 import numpy as np array2d = np.zeros((4,…

Python 応用編

セルカウント

2017.03.18 Mochizuki

今回はPythonで細胞数のカウントをしてみます。C++での粒子カウントを解説したものはこちらになります。 ヒト臍帯静脈内皮細胞 (HUVEC) CD31 の免疫蛍光染色 200× コスモバイオ 画像のチャンネル分離 c…

Python 入門編

Pythonの基本

2017.03.18 Mochizuki

このページではPythonの基本的な使い方を紹介します。 Jupyter notebookを起動する まず、Pythonの環境構築をした時に、pyenvを使った場合にはその環境に入ります。次に、Jupyter noteb…

Python 環境構築

機械学習:Chainerのインストール (GPU版)

2017.03.18 Mochizuki

MacまたはLinuxでは次のようにしてGPUによるアクセラレーションが有効なChainer環境を構築できます。GPU版のインストールには対応したGPUが必要になるので、準備が必要です。なお、私が使っているGPUはGeF…

Python 環境構築

機械学習:Chainerのインストール (CPU版)

2017.03.18 Mochizuki

MacまたはLinuxでは次のようにしてChainer環境を構築できます。GPUが使える環境では、計算速度が数十倍〜数百倍になる、こちらで解説しているインストール方法がお勧めです。 まず、Pythonの環境構築をした時に…

Python 環境構築

Python 3.4 / OpenCV 3.1 インストール

2017.03.18 Mochizuki

MacまたはLinuxでは次のようにコマンドを打つことでPythonとJupyterの環境を構築できます。インストール後のPythonの基本的な使い方はこちらに書きました。Pythonはバージョン2系と3系があり、少し書…

C++ 応用編

粒をカウントする (粒子解析)

2015.08.29 Mochizuki

画像から種子の数をカウントします。解析の種類としては、一般的には粒子解析と言われます。光の当たり方にムラのある条件でも可能な2値化手法など応用的な内容も含んでいますが、まず初めに実施してみてほしい簡単なチュートリアルです…

C++ 便利技

透視変換 (Homography Transformation)

2016.11.05 Mochizuki

今回は干潟を斜め上の角度から撮影した画像をオリジナル画像とし、ホモグラフィー変換によって真上から撮影したような形状に変形する例を紹介します。 平面の変形方法にはいくつか種類がありますが、透視変換(ホモグラフィー変換)は最…

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書いているひと


望月 優輝(プロフィール詳細はこちら)


得意なこと:
   画像解析 / 機械学習 / 数値計算
   Python / C++

画像解析、数値計算などの領域を重点的にソフトウェアエンジニアとして取り組んできました。3次元データを扱うソフトウェアの開発に継続して携わっています。

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