Pythonでは基本的に、Global Interpreter Lockといって、一つのプロセスでしか動かせない、という制約がある。これは、複数スレッドを立ち上げてPythonコードを実行しようとしても、CPUでの計算を…

自分用のメモです。回転同士の距離がどういうものか、といったことはここに日本語で詳しく書いてあります(とても良いページ!)。 from pyquaternion import Quaternion import numpy…

はじめに 3次元回転(金谷健一著)を読んで、あるコスト関数を最小化するための3次元回転の最適化について、リー代数の方法、の理論的なところを少なくとも一部理解したので、実際に実装してみようというのが今回の目的。 リー代数と…

Scipyによる最適化計算 Pythonで最適化計算を行う場合、Scipyのoptimizationパッケージを使うことになると思う。これには、いろいろな最適化アルゴリズム(Nelder-Mead, Powell, BF…

クロフトンの公式 CTなどのボリュームデータにおいて、何らかの方法でセグメンテーションを行ったあと、そのラベルデータの表面積を計算したいときがあります。このとき、クロフトンの公式というものを使うと正確に計算できます。これ…

マルチページTIFFをPythonで読み込むためにはPIL(Python Image Library)を用います。次のコードではマルチページTIFFの30枚目から100枚目までを読み込み、512*512ピクセルにリサイズ…

Pythonで連番画像を読み込む方法の紹介です。画像の読み込み自体はOpenCVのimread関数で行いますが、この関数にはファイル名の文字列を渡す必要があります。今回はPythonで連番ファイルの文字列を生成する方法の…

今回はPythonで厳密な重心を求める手法を紹介します。まずは重心の定義から見ていきましょう。C++版はこちら。 幾何学的には、ある図形の、そのまわりでの一次モーメントが 0 であるような点のこと。図形 D （およびその…

PythonとOpenCVを使った透視変換(Homography Transform)のコード例です。変換前後の4点ずつ、計8点からgetPerspectiveTransform関数によって3*3の変換行列を求め、war…

以下ではPythonで塩基配列を操作するコードを紹介します。説明は最小限に留めてありますが、C++がわかる人ならばPython初心者でも構文が似ているので意味はわかると思います。   1.DNA配列中の各塩基の…