はじめに 3次元回転(金谷健一著)を読んで、あるコスト関数を最小化するための3次元回転の最適化について、リー代数の方法、の理論的なところを少なくとも一部理解したので、実際に実装してみようというのが今回の目的。 リー代数と…

Scipyによる最適化計算 Pythonで最適化計算を行う場合、Scipyのoptimizationパッケージを使うことになると思う。これには、いろいろな最適化アルゴリズム(Nelder-Mead, Powell, BF…

クロフトンの公式 CTなどのボリュームデータにおいて、何らかの方法でセグメンテーションを行ったあと、そのラベルデータの表面積を計算したいときがあります。このとき、クロフトンの公式というものを使うと正確に計算できます。これ…

マルチページTIFFをPythonで読み込むためにはPIL(Python Image Library)を用います。次のコードではマルチページTIFFの30枚目から100枚目までを読み込み、512*512ピクセルにリサイズ…

Pythonで連番画像を読み込む方法の紹介です。画像の読み込み自体はOpenCVのimread関数で行いますが、この関数にはファイル名の文字列を渡す必要があります。今回はPythonで連番ファイルの文字列を生成する方法の…

今回はPythonで厳密な重心を求める手法を紹介します。まずは重心の定義から見ていきましょう。C++版はこちら。 幾何学的には、ある図形の、そのまわりでの一次モーメントが 0 であるような点のこと。図形 D （およびその…

PythonとOpenCVを使った透視変換(Homography Transform)のコード例です。変換前後の4点ずつ、計8点からgetPerspectiveTransform関数によって3*3の変換行列を求め、war…

以下ではPythonで塩基配列を操作するコードを紹介します。説明は最小限に留めてありますが、C++がわかる人ならばPython初心者でも構文が似ているので意味はわかると思います。   1.DNA配列中の各塩基の…

画像を定量するときに、あるいは、機械学習の前処理をするときなどに、画像の明るさがバラバラだと、いくらその後の過程に手の込んだプログラムを用いてもうまい結果を出せないと思います。画像の明るさを揃えるためのコードを紹介します…

今回はPythonで細胞数のカウントをしてみます。C++での粒子カウントを解説したものはこちらになります。 ヒト臍帯静脈内皮細胞 (HUVEC) CD31 の免疫蛍光染色　200× コスモバイオ 画像のチャンネル分離 c…