2つのMatを入力に、その差の絶対値を求めることができます。今回は2種類の方法で計算しています。また、ゼロでないpixelの数をcountNonZero関数で求めています。2つのやり方のどちらでも同じ非ゼロpixel数が出力されることを確認してください。下の図は、上2つが入力画像、次の2つがそれぞれのパターンで入力画像の差の絶対値を計算した結果です。
#include "opencv/cv.h"
#include "opencv/highgui.h"
using namespace cv;
int main(){
Mat img1 = Mat::zeros(500, 500, CV_8UC1);
circle(img1, cv::Point(200, 250), 100, Scalar(100), 30, 4);
Mat img2 = Mat::zeros(500, 500, CV_8UC1);
circle(img2, cv::Point(300, 250), 100, Scalar(50), 30, 4);
//同じことを実行するコード パターン1
Mat output_img1;
absdiff(img1, img2, output_img1);
printf("%d\n",countNonZero(output_img1));
///////////////////////
//同じことを実行するコード パターン2
Mat output_img2;
output_img2 = abs(img1 - img2);
printf("%d\n",countNonZero(output_img2));
///////////////////////
imshow("1",output_img1);
imshow("2",output_img1);
waitKey(0);
return 0;
}